3-ий эшелон употребляет «Разделённые ячейки» (Splinter Cells), агентов-одиночек, способных проводить скрытные операции на злобной местности. Недолго размышляя, Сэм Фишер соглашаеся и делается главным оперативником данного подразделения. Он обязан предупредить разжигающуюся войну меж USA и Китаем и найти скрывающегося президента Грузии Комбаяна Николадзе, чтоб воспрепятствовать ему применять его тайное орудие под названием «Ковчег».
